本系課程之規劃兼顧深度與廣度、理論與實務，具如下特點：每位學生都需修「專業必修」課程，以奠定其資訊領域專業基礎之深度。除此之外，尚須於每一專業指定範圍內選修若干課程，以增加廣度。學生可再根據個人的興趣，選擇若干專業選修課程。

「專業必修課程」之規劃，主要目的在奠定學生具備資訊科學及工程之學理基礎。專業必修科目共52學分，包括計算機程式設計(一)(二)、資料結構、線性代數、系統整合實作(I)(II)、離散數學、機率、邏輯設計、邏輯設計實驗、軟體設計與實驗、計算機結構、計算方法設計、作業系統等。為維持教學品質，本系規定以上科目應修習由本系教師開授之課程。重修者需經系主任同意始得修習暑期課程或外系課程。

「專業指定範圍」內選修科目主要目的在增加學生資訊領域的深度與廣度。共分四個範圍：理論（常微分方程、訊號與系統、科學計算與正規語言等）、電腦系統（電路與電子學一、積體電路設計概論、嵌入式系統概論、編譯器設計、與數位系統設計等）、網路（計算機網路概論、軟體工程、密碼與網路安全概論與平行計算概論等）以及人工智慧(資料庫系統概論、人工智慧概論、多媒體技術概論、機器學習概論等)。學生需於每一範圍內選修至少一到二門課，共15學分。

最後學生可依個人興趣選修CS編號的其他專業選修科目，共21學分。此課程規劃可讓學生進一步瞭解其有興趣之領域（深度），並提供學生多樣的選擇（廣度）。

本系大學部學生畢業總學分自97入學年度調整為最低128學分，其中必修及必選學分共114學分，其餘選修課程之選擇則與導師諮商後決定。

今日各種科學領域的開拓，甚至知識經濟的發展，台灣每年都需要數以萬計的資訊人才，為了讓我們的同學更有競爭力，本系特別安排了與電機系的課程整合，讓同學可以軟、硬體兼備。而表現優異、有志高深研究的同學，本系也有相當寬廣的直升研究所途徑，供其進一步鑽研於資訊科學的各個領域。

自2021年起，為配合學校「提升國際化」的中長程目標，及提升學生英語文應用能力，本系以學院為核心，提供師資及教學資源，結合優勢領域與英語授課，讓學生能夠在雙語環境下紮實的專業訓練；同時與國外知名大學或研究單位逐步建構雙向交流平台、推動學生交換、海外實習等資源整合與分享的機制，以達成目標。[EMI雙語化學習計畫連結]

針對碩博士研究生而言，本系每週固定舉行一次書報討論，邀請國內、外各領域之專家學者演講。加上不定期的演講以及每年至少五十場以上的學術研討會，專題演講場次系每年共約，以提供學生多元化之學習環境。另將碩博士畢業規定說明如下:

碩士班學生的畢業學分為24學分，除校定必修課程外，其中資訊相關課程，不得少於十六學分。第一學期及第二學期必須修習書報討論；第三學期起得只修論文。

博士班學生的畢業學分為18學分，其中資訊相關課程不得少於12學分。逕讀博士學位者的畢業學分為30學分，其中資訊相關課程不得少於24學分。除論文為必修外，104學年度(含)起入學之研究生，新增校定必修課程：「國立清華大學學術研究倫理教育課程」，用意在提升研究生研究倫理之素養。另本系亦規定博士班學生必須修過下列三門課才能畢業，包括作業系統、計算機結構及計算方法設計。

本系博士班學生在提出論文計畫口試之前，都必須提出第一外語能力的通過證明，須通過托福79分(TOEFL iBT)以上 or 210分(TOEFL CBT)以上，或全民英檢中高級測驗初試及複試80分以上，或修習通過本系規定的英文課程須達6學分。

博士班學生必須在入學後七個學期內通過資格考核(包括專業課程考核及研究能力考核)，才能提出論文研究計畫口試、學術委員會審查，最後才能申請博士畢業論文口試，可謂相當嚴格。

本校提供跨院之「資訊傳媒學程」供本校各系同學修習資訊傳媒相關課程。本系共同執行此學程，並開授部分課程。同學於修滿學程規劃之15學分後可由學校授於「資訊傳媒學程」學程修習證明。